Слово вынуть интересно тем, что в нем нет корня. Сравним его со словами выйти, выбросить, выскочить и мы поймем, что вы- — приставка.
Теперь сравним его с глаголами дунутъ, прыгнуть, и нам станет ясно, что -ну- — суффикс. А где же корень?
Оказывается, когда-то это слово звучало вынятъ и в нем был древний глагольный корень -т- в значении «брать». Этот корень встречался и в глаголах с другими приставками — сиять, принять, поднять, отмять…; -н- в этих словах—вставочный согласный, он появляется лишь после некоторых приставок. А в слове взять, например, имевшем первоначально тот же корень -я- и приставку -вэ-, он отсутствовал.
Со временем глагол вынять попросту потерял корень, превратившись в вынуть под влиянием таких слов, как дунуть, двинуть, прыгнуть.
